Свое первоначальное название – Комаровская – улица получила в 1880 году в честь основателя Владивостока Николая Васильевича Комарова.
По существу, Н. В. Комаров был первым строителем Владивостока. В пору основания Владивостока Н. В. Комарову было 29 лет. 20 июня 1860 года он с горсткой солдат сошел с борта транспорта «Маньчжур» на пустынный берег и начал строить военный пост. В новую должность — начальника будущего поста — прапорщик Комаров вступил с 21 июня (3 июля по новому стилю) 1860 года. Под его руководством встали первые дома будущего города. 1 ноября 1860 года, он доложил начальству, что под его руководством построена одна казарма, кухня, офицерский дом из елового леса, крытый тёсом. Также он передал план построенных и запланированных построек военного поста, получившего название Владивосток.
В 1861 году команда Комарова была переведена из Владивостока на строительство новых пограничных постов на границе с Китаем вдоль реки Уссури. Так первый строитель города навсегда расстался с Владивостоком, однако, его имя увековечено в названии улицы и вершины сопки.
Сейчас на улице располагается Кондитерская фабрика «Приморский кондитер», известная не только во Владивостоке и крае, но и за их пределами. На пересечении этой улицы с Океанским проспектом находится центральный колхозный рынок. Интересно, что генеральным планом 1930-х годов на этом месте предполагалось построить здание стационарного цирка на 2500 мест с выходом главного фасада в сторону Амурского залива.
Напротив колхозного рынка до настоящего времени сохранилось кирпичное здание под № 21. В свое время во флигеле этого дома жил А. Фадеев- учащийся Коммерческого училища. Этот дом, построенный в 1906 году, принадлежал торговцу Т. 3. Дрекаловичу. Сейчас на этом доме установлена мемориальная доска в память об авторе «Разгрома» и «Молодой гвардии».
Следующий жилой дом (Прапорщика Комарова, 23) известен как «дом Буссе». Здесь в 1884-1889 гг. жил известный исследователь края, председатель переселенческого комитета, основатель Общества изучения Амурского края Ф. Ф. Буссе.
Улица Прапорщика Комарова в за свою историю не раз меняла названия: Шевченко, Бородинская, Геологов, Однако, в 1985 году ей вернули прежнее, но обновленное название — улица Прапорщика Комарова. Начинаясь от улицы Пограничной, она заканчивается почти у самой вершины сопки Орлиное гнездо.
